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美国多机构合作构建10 万种食源性致病菌基因组数据库

2012 年7 月12 日,美国食品药品监督管理局(FDA)、加利福尼亚州大学戴维斯分校、安捷伦科技公司(Agilent)、美国疾病控制与预防中心(CDC)宣布启动“10 万基因组计划”,该项目历时五年,旨在合作创建一个包含10万种食源性致病菌基因组的公共数据库,以加速食源性疾病暴发的细菌鉴定。

该计划将对约10 万种重要的食源性致病菌(包括沙门氏菌、李斯特菌和大肠杆菌等重要的致病菌)测序,并将测序信息序储存在美国国立卫生研究院下属的国家生物技术信息中心(NCBI)的公共数据库。该数据库将开放访问,提供能鉴定病原体及其来源的检测方法。一旦暴发食源性疾病,该类检测有可能在几天甚至是几小时内展开公共卫生应对,而不是传统的几周内,从而显著减少公共卫生应对时间。

在该项目中,测序工作将由加州大学戴维斯分校协调完成,具体由新成立的华大基因-加州大学戴维斯分校联合基因组中心完成,该校同时还开放其收集的细菌样本库;FDA 提供500 多份已完成的沙门氏菌全基因组序列草图,提供数千份其他种重要的食源性病原体供测序,并提供生物信息学支持,其科学家们也将在需要时指导该项目并提供技术支援;安捷伦提供专业知识、设备、仪器和资金支持加州大学戴维斯分校测序;CDC 将提供食源性疾病的专业知识,提供菌株供测序,并提供该项目所需要的其他信息,CDC 专家还将参与到项目指导委员会。

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