7月6日，世界卫生组织（WHO）宣布在大多数搜集流感监测信息的南半球国家中，流感季节已经开始。H3N2病毒是主要的流行病毒，但是各国的情况不尽相同。一些国家（如玻利维亚）发现2009甲型H1N1流感病毒感染水平高，其他国家出现了乙型流感病毒的循环传播（co-circulation）。在智利，流感活动性已经快达到警报阈值，呼吸系统疾病在急诊中的比例已经达到了31%，超过了过去两年的同期水平。自从5月中旬以来，巴西的流感测试数持续上升，严重呼吸道感染病例的数量也有了显著的增加，其中80%的致病原为H1N1病毒，剩下的为H3N2病毒。在玻利维亚，超过50%的流感监测样本呈阳性反应，近期的呼吸道疾病感染数也呈上升趋势。在非洲撒哈拉沙漠以南地区，有限的数据表明，大多数国家的流感活动性很低或为零，除了加纳、象牙海岸和马达加斯加。南非的流感季始于5月的晚些时候，仍在持续。在过去的5周内，澳大利亚的流感活动性一直在增强，H3N2为主要的流行病毒。新西兰的病毒检测数量也在攀升，但是流感活动性水平仍然处于国家的基线水平之下。在亚洲的热带国家，流感的活动性水平比较低或检测不到。